PhpMyAdmin trae una opción para renombrar los prefijos de las tablas, prefijos como los que utilizan WordPress o Prestashop.
Simplemente hay que ir a la pestaña de estructura de la BD, seleccionar las tablas que queramos renombrar, y seleccionar la opción «Replace table prefix». Nos pedirá el prefijo actual y el nuevo.
Lo bueno es que es lo suficientemente inteligente como para no renombrar una tabla si no encuentra el prefijo, por lo que puedes deirectamente seleccionar todas las tablas.