git rm -r --cached _DIRECTORIO_ ó
git rm --cached _ARCHIVO_
Uno de los errores que siempre cometo al desplegar una aplicación con Git es incluir en el repositorio archivos que no debería, como por ejemplo los directorios temporales o de cache de algún framework. Mientras desarrollo en local por lo general ni me doy cuenta, pero a la hora de desplegar a producción es cuando empiezan los problemas.