En mi caso necesitaba tener el directorio de uploads de Wordpress fuera del directorio de instalación del propio wordpress, e incluso necesitaba tener los archivos accesible a través de un dominio diferente al del propio Wordpress.

Si en las URL de wordpres aparece el index.php, es por que falta el archivo .htaccess
Este archivo se puede generar desde Admin

Para poder instalar plugins de Wordpress desde el sistema de ficheros local hay que establecer la constante FS_METHOD, cmo siempre, al final de nuestro config.php
Es una de las configuraciones que siempre necesito cuando desarrollo algo en Wordpress y nunca consigo recordar a la primera.